Zur Klinischen Abteilung für Neonatologie, Pädiatrische Intensivmedizin und Neuropädiatrie gehören Neonatologie (NICU), Pädiatrische Intensivmedizin (PICU), Neuroonkologie und Epileptologie.
Die Klinische Abteilung für Pädiatrische Pulmologie, Allergologie und Endokrinologie vereint die Spezialbereiche Pulmologie, Allergologie, Endokrinologie, Diabetologie, Stoffwechselstörungen, allgemeine Neuropädiatrie und Psychosomatik. Weiters gehören die Allgemeine Ambulanz und die Notfallambulanz mit Nachtüberwachungsstation zur Abteilung.
In der Klinischen Abteilung für Pädiatrische Nephrologie und Gastroenterologie werden Patienten mit Nierenerkrankungen bis zur Nierenersatztherapie (pädiatrisches Dialysezentrum) und Nierentransplantation, gastrointestinalen, hepatologischen und rheumatischen Erkrankungen betreut.
Die Klinische Abteilung für Pädiatrische Kardiologie deckt das gesamte Spektrum der angeborenen und erworbenen Herzfehler, Herzrhythmusstörungen, Herzmuskelerkrankungen, Herzinsuffizienz und pulmonalen Hypertension ab. Der Abteilung zugeordnet ist die Gerinnungsambulanz. Eine hohe Expertise besteht auf dem Gebiet der interventionellen Kardiologie.
Klinische Abteilung für Allgemeine Pädiatrie unter besonderer Berücksichtigung der Pädiatrischen Hämatoonkologie/St. Anna Kinderspital:
Das St. Anna Kinderspital ist die zentrale Anlaufstelle im Osten Österreichs für die Behandlung kindlicher Blut- und Tumorkrankheiten sowie die Durchführung von Stammzelltransplantationen. Darüber hinaus werden alle Erkrankungen im Kindes- und Jugendalter (0-18 Jahre) behandelt.
Zu den Allgemeinen Bereichen gehören das Österreichische Früherfassungsprogramm für angeborene Störungen (Neugeborenen-Screening), das Hauptlabor, Therapieeinrichtungen (Physiotherapie, Ergotherapie, Logopädie, Diätologie), die klinische Psychologie und die Milchküche.
Die Universitätskinderklinik ist im Gebäudekomplex der „Kliniken am Südgarten“ untergebracht. In einem der Kinderklinik angrenzenden, neu errichteten Gebäude sind in nächster Nähe die Klinische Abteilung für Kinderchirurgie, die Kinderradiologie und die Kinderanästhesie angesiedelt. Diese räumliche Zusammenführung von pädiatrischen Fächern ist wesentlich für den Aufbau eines Pädiatrischen Zentrums, welches in Zukunft eine umfassende und ganzheitlich interdisziplinäre Betreuung von Kindern und Jugendlichen ermöglicht. Die Übersiedlung anderer operativer Fächer, wie beispielsweise der Kinderherzchirurgie, ist bereits in Vorbereitung.