Die Klinik ist derzeit in 5 klinische Abteilungen und den Allgemeine Klinikbereichen gegliedert (siehe Organigramme).
1) Die Abteilung für Neonatologie, Pädiatrische Intensivmedizin und Neuropädiatrie versorgt PatientInnen der Neonatologie, der Pädiatrischen Intensivmedizin, der Neuroonkologie und der Epileptologie.
2) Die Abteilung für Pädiatrische Pulmologie, Allergologie und Endokrinologie versorgt PatientInnen mit Cystischer Fibrose, Lungenerkrankungen, Nahrungsmittelallergien, Lungentransplantationen, Diabetes mellitus, Stoffwechselerkrankungen und neuropädiatrischen Problemen. Weiters gehören zu der Abteilung die allgemeine Ambulanz, die Notfallambulanz, Nachtüberwachungsstation und die psychosomatische Tagesklinik.
3) Die Abteilung für Pädiatrische Nephrologie und Gastroenterologie versorgt PatientInnen mit Nierenerkrankungen, Dialysen, nach Nierentransplantationen, schweren gastrointestinalen Störungen, Lebererkrankungen und rheumatischen Erkrankungen.
4) Die Abteilung für Pädiatrische Kardiologie versorgt PatientInnen mit angeborenen und erworbenen Herzfehlern, Herzrhythmusstörungen, Herzmuskelerkrankungen und pulmonaler Hypertension. Der Abteilung ist die Gerinnungsambulanz zugeordnet. Ihr Schwerpunkt ist die interventionelle Kardiologie.
5) Als fünfte Abteilung ist seit 2010 ein Teilberich des St. Anna Kinderspital der Universtitätsklinik für Kinder- und Jugendheilkunde zugeordnet.
Die Allgemeinen Bereiche beinhalten die klinische Psychologie, die Therapieeinrichtungen (Physiotherapie, Ergotherapie, Logopädie, Diätologie), die Klinische Soziale Arbeit. Weiters gehört die Schule für Kinder und Jugendliche in Spitalsbehandlung und die Kinderschutzgruppe zu den Allgemeinen Bereichen der Klinik.